S-Cross występuje w dwóch wersjach silnikowych. Auto można mieć z bezobsługowym układem mild Hybrid, w którym turbodoładowany silnik benzynowy 1,4 Boosterjet tworzy jedną całość z urządzeniem ISG 48V (służy wspomaganiu silnika spalinowego dodatkowym momentem obrotowym 50 Nm), akumulatorem litowo-jonowym oraz przetwornicą napięcia. Układ mild Hybrid 48V pomaga efektywnie obniżyć zużycie paliwa i emisję szkodliwych substancji do środowiska. S-Cross mild Hybrid jest oferowany z precyzyjnie zestrojoną, 6-stopniową mechaniczną skrzynią biegów. Dla klientów poszukujących jeszcze większej wygody, Suzuki proponuje z kolei 6-stopniową zautomatyzowaną skrzynię biegów AGS, w którą wyposażone są modele S-Cross DualJet Hybrid. Tak samo jak w Vitarze DualJet Hybrid zespół napędowy to silnik benzynowy (wolnossący 1.5 DualJet z wielopunktowym wtryskiem paliwa, jednostka czterocylindrowa, 16-zaworowa) współpracujący z silnikiem elektrycznym z generatorem (całość to tzw. zespół MGU-Motor Generator Unit), układem ISG (wcześniej stosowany m.in. w S-Crossie mild Hybrid) oraz akumulatorami litowo-jonowymi (pojemność 840 Wh, napięcie 140 V) ukrytymi pod podłogą bagażnika. To właśnie zmagazynowana w nich energia elektryczna pozwala na pokonanie krótkich dystansów także z wyłączonym silnikiem głównym-benzynowym. Łącznie kierowca S-Crossa DualJet Hybrid ma do dyspozycji 116 KM.